대법2016두63200(2017.05.30)
[제목] 법인세등부과처분취소
[주문]
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
[이유]
상고이유를 판단한다.
구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항은 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 일정한 금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제하도록 규정하고 있는데, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 별표6 및 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 별표6은 위와 같은 세액공제를 적용받는 연구ㆍ인력개발비 중 하나로 ‘기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 ‘전담부서’라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비‘를 들고 있다.
원심은 그 채택 증거에 의하여, 원고가 그 소속 전담부서인 기업부설연구소에서 근무하는 연구원들에게 지급한 2007 내지 2010 사업연도 이 사건 퇴직연금보험료를 구 조세특례제한법 제10조 제1항이 정한 연구·인력개발비 세액공제 대상인 인건비로 인정받아 그에 상응하는 법인세를 환급받은 사실, 서대전세무서장은 이와 달리 이 사건 퇴직연금보험료가 연구·인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당하지 않는다고 보아 2013. 11. 26. 원고에게 2007 내지 2010 사업연도 법인세를 각 경정·고지한 사실 등을 인정하였다.
그런 다음 원심은, ① 원고가 확정기여형 퇴직연금제도에 기초하여 과세연도 및 대상근로자별로 연구소 근속 여부에 따라 실제로 지출한 이 사건 퇴직연금보험료는 그 지출 사업연도의 비용으로 인정받을 수 있고, 위 보험료 상당의 금원은 각 연구원들에게 확정적으로 귀속하는 것으로 볼 수 있는 점, ② 이와 같이 이 사건 퇴직연금보험료는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하여 연구원별로 실제 지출된 비용이므로 적정한 기간손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과한 퇴직급여충당금과는 그 성격을 달리하는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 퇴직연금보험료는 구 조세특례제한법 제10조 제1항이 정한 연구·인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다는 취지로 판단하였다.
원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 구 조세특례제한법 제10조 제1항이 정한 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비의 범위에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대전고법2016누11467(2016.11.17)
[제목] 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비의 범위
[요약] 퇴직연금보험료는 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에서 제외하고 있지 아니함
[결정유형] 국패
[주문]
1. 제1심판결을 취소한다.
2. 피고가 2013. 11. 26. 원고에 대하여 한 2008사업연도 귀속 46,688,290원(가산세 포함), 2009사업연도 귀속 102,995,420원(가산세 포함), 2010사업연도 귀속 243,227,510원(가산세 포함) 합계 392,911,220원의 법인세 부과처분을 모두 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.
<청구취지 및 항소취지>
주문과 같다.
[이유]
1. 처분의 경위
가. 원고(주식회사 aaa유원홀딩스로부터 2015. 1. 26. 분할되어 설립되었다. 이하 분할설립 전후를 불문하고 ‘원고’라고만 한다)는 골프용품 제조·판매·서비스사업, 골프 연습장·골프장사업, 스크린골프사업 등을 목적으로 하는 회사로서, 스크린골프 시뮬레 이션 등 제조에 관한 전담 연구개발부서를 운영하여 오다가 2007 3. 28. 사단법인 한 국산업기술진흥협회장으로부터 ‘주식회사 aaa 제2기업부설연구소’(이하 ‘이 사건 연 구소’라고 한다)를 기술개발촉진법령이 정한 기업부설연구소로 인정받았다.
나. 원고는 2007 내지 2010사업연도까지 이 사건 연구소에서 근무하는 직원들에 대 한 퇴직연금보험료로 2007사업연도 44,431,867원, 2008사업연도 88,145,000원, 2009사업연도 203,089,626원, 2010사업연도 484,802,063원 합계 820,468,556원을 지출하였다 (이하 ‘이 사건 퇴직연금보험료’라고 한다).
다. 원고는 2011. 12. 9. 서대전세무서장에게 ‘2004 내지 2006사업연도 법인세 신고 당시 누락한 연구·인력개발비’ 및 ‘이 사건 퇴직연금보험료’를 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 통틀어 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제10조 제1항이 규정한 세액공제(이하 ‘조세특례제한법상 세액공제’라고 한다) 대상 연구·인력개발비로 반영하여 2007사업연도 법인세 319,261,426원, 2008사업연도 법인세 356,872,797원, 2009사업연도 법인세 747,793,173원, 2010사업연도 법인세 766,744,277원 합계 2,190,671,673원의 법인세 환급을 신청하는 내용으로 법인세 경정청구를 하였다. 이에 대해 서대전세무서장은 2011. 12. 16. ‘원고가 2007. 3. 28. 사단법인 xxxx 기술진흥협회로부터 기업부설연구소로 인정받았고, 연구·인력개발비 세액 공제대상이 되는 연구소 직원의 교육비(2004 내지 2006사업연도) 및 이 사건 퇴직연금보험료에 대한 지출내역이 확인된다’는 이유로 위 2007 내지 2010사업연도 법인세 합계 2,190,671,673원을 환급하였다.
라. 광주지방국세청은 2013. 8. 26.부터 2013. 9. 12.까지 서대전세무서에 대한 감사 를 실시한 다음 서대전세무서장에게, ‘① 조세특례제한법상 세액공제를 산정함에 있어 요건미비로 불공제된 2003 내지 2006사업연도 제조원가명세서상의 경상연구비를 포함 하여 연구·인력개발비 증가발생금액기준에 의하여야 하고, ② 이 사건 퇴직연금보험료 는 조세특례제한법상 세액공제 대상에 해당하지 않는다’는 내용의 감사결과를 통보하 였다.
마. 이에 서대전세무서장은 2013. 11. 26. 원고에 대하여 2008사업연도 법인세 296,358,700원, 2009사업연도 법인세 296,338,690원, 2010사업연도 법인세 352,403,840원 합계 945,101,230원의 법인세 부과처분을 하였다(이하 ‘2013. 11. 26.자 부과처분‘이라 한다).
바. 원고는 2013. 11. 26.자 부과처분에 불복하여 2014. 2. 24. 서대전세무서장에게 심사청구서를 제출하였고, 위 심사청구는 2014. 3. 27. 감사원에 접수되었다.
사. 감사원은 원고의 심사청구에 대하여 2015. 8. 13. ‘① 조세특례제한법상 세액공제 를 산정함에 있어 요건미비로 불공제된 2003 내지 2006사업연도 제조원가명세서상의 경상연구비는 제외하는 것이 타당하므로, 2013. 11. 26.자 부과처분 중 이를 포함하여 산정한 부분은 잘못이어서 이를 포함하지 않는 것으로 그 세액을 경정해야 하고, ② 이 사건 퇴직연금보험료는 조세특례제한법상 세액공제 대상에 해당하지 않으므로, 원 고의 나머지 청구는 기각한다’는 취지의 심사결정을 하였다.
아. 이에 서대전세무서장은 감사원의 심사결정에 따라 원고에 대한 법인세를 감액 경정하고 2015. 9. 24. 원고에게 2008사업연도 법인세 249,670,410원, 2009사업연도 법인세 193,343,270원, 2010 사업연도 법인세 109,176,330원 합계 552,190,010원을 환급하였다. 그 결과 2013. 11. 26.자 부과처분 중 남아 있는 부분은 아래와 같다(이처럼 감액되고 남아 있는 부분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
자. 이후 서대전세무서로부터 북대전세무서가 분리·신설되었다.
1) 이 사건 처분 세액
【인정근거】다툼없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것 은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법여부
가. 원고의 주장 요지
① 조세특례제한법령은 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 ‘인건비’의 범위 에서 퇴직연금보험료를 배제하지 않고 있고, 위 ‘인건비’는 그 명칭을 불문하고 근로자 에게 근로에 대한 대가로 지급된 일체의 비용을 의미하는 점, ② 퇴직연금보험료는 각 사업연도에 실제로 지출되고 전액 손금으로 인정되는 비용으로서 인건비에 해당하는 점, ③ 확정기여형 퇴직연금제도인 퇴직연금보험료는 실제 비용 지출 여부, 적립 및 지급시 회계처리 등이 퇴직급여충당금과 달라 양자의 성질은 전혀 다른 점, ④ 과세관청의 예규에 의할 때 4대 보험의 보험료 지출은 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비로 인정되는 점 등을 종합할 때, 이 사건 퇴직연금보험료는 이 사건 연구소의 직원들에 대한 인건비로서 조세특례제한법상 세액공제 대상에 해당한다. 그럼에도 이 사건 퇴직연금보험료를 조세특례제한법상 세액공제 대상으로 인정하지 않은 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관련 법령
별지 기재와 같다.
다. 판단
위에서 본 사실관계 및 증거들에 갑 제6, 7호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정 등에 비추어 보면, 이 사건 퇴직연금보험료 는 구 조세특례제한법 제10조 제1항의 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당한다고 봄이 타당하고, 결국 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.
① 구 조세특례제한법 제10조 제1항은 내국인이 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에 그 각 호에서 정한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다. 이에 따라 구 조세제한특례법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 및 별표 6과 구 조세제한특례법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 및 별표 6은 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 ‘기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비‘를 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 열거하고 있고, 구 조세제한특례법 시행규칙(2009. 4. 7. 기획재정부령 제70호로 개정되기 전의 것, 2010. 4. 20. 기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것, 2011. 4. 7. 기획재정부령 제204호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항은 ’기술개발촉진법 시행규칙 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소‘ 등을 ’기획재정부령이 정하는 전담부서‘로 규정하고 있으며, 같은 조 제3항은 ’기획재정부령이 정하는 자란 일반연구인력개발 전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자를 말한다‘라고 규정하고 있는데, 이 사건 퇴직연금보험료는 기술개발촉진법령이 정한 기업부설연구소인 이 사건 연구소 에서 근무하는 직원들에게 지급된 것으로서 ’기획재정부령이 정하는 전담부서에서 근 무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자‘에게 지출된 비용에 해당한다.
② ‘인건비’란 그 명칭 여하에 불구하고 피용자에게 근로에 대한 대가로 유상으로 지출한 일체의 것을 말하는데, 이 사건 퇴직연금보험료는 이 사건 연구소에서 근무하는 직원들에게 그 근로의 대가로 유상으로 지급되는 것이므로 ‘인건비’에 해당하며, 조세특례제한법령은 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 되는 ‘인건비’에서 ‘퇴직연금보험료를 제외한다’는 규정을 두고 있지도 아니하다.
③ 퇴직급여충당금은 정당한 기간손익의 계산을 위하여 추산한 일정한 한도 내의 금원을 ‘퇴직급여충당금’으로 부채계정에 적립함과 동시에 동 금액을 ‘퇴직급여’로 비용계정에 반영하기는 하나, 실제로 퇴직금을 지급하기 전까지는 아무런 현금 지출이 이루어지지 않는다. 반면에 이 사건 퇴직연금보험료는 확정기여형 퇴직연금제도2)에 따라 각 사업연도에 사외의 퇴직연금사업자에게 실제로 지출되고, 그 지출시마다 그 지출분 상당액이 회사의 비용으로 회계처리되며, 과세연도별 및 대상근로자별로 그 지출액을 특정할 수 있다.
④ 퇴직급여충당금의 경우 장부상으로만 계상된 비용에 불과하여 피용자가 실제로 퇴직하여 그에 대하여 지급이 현실적으로 이루어진 때에야 비로소 회사의 비용이 된다 고 볼 수 있는 반면, 퇴직연금보험료는 회사가 사외의 퇴직연금사업자에게 보험료를 지출함과 동시에 그 해당 금원이 피용자에게 확정적으로 귀속하는 것이므로, 퇴직연금 보험료가 지출되는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 볼 수 있다.
⑤ 이와 같이 퇴직급여충당금과 퇴직연금보험료는 그 실질에 있어 큰 차이가 있는 점, 퇴직급여를 사내에 관념적으로만 적립하는 퇴직금제도에 의한 퇴직급여충당금은 근로자들의 안정적인 노후재원 마련에 문제점이 야기되므로 사외의 퇴직연금사업자에 게 적립하는 퇴직연금보험제도를 사업자가 선택하도록 유도할 필요성이 있는 점, 조세 특례제한법 시행령이 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되면서 별표 6에 “법인세법 제33조에 따른 퇴직급여충당금”을 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에서 제외한다는 단서 규정을 추가하면서도, ‘퇴직연금보험료’를 이러한 인건비에서 제외한다는 규정을 두지 않은 것은 이와 같은 이유 등에서 ‘퇴직연금보험료’를 ‘인건비’에 포함시키려는 입법의도가 있었던 것으로 볼 여지도 충분한 점 등에 비추어 보면, 퇴직연금보험료를 퇴직급여충당금과 달리 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함시키는 것이 조세평등의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.
⑥ 오히려 국민연금, 건강보험료 등을 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함시키면서도 이와 유사한 퇴직연금보험료만을 그 대상에서 제외할 특별한 이유가 없어 보인다.
3. 결 론
그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인데, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
관련 법령
○ 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)
① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비 스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연 도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구· 인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업 소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
2. 제1호 외의 내국인 : 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구·인 력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액 과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.
가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인 력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비"라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경 우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외 의 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위 탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액 의 100분의 40에 상당하는 금액
다. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도 로 한다)을 곱하여 계산한 금액
100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액의 구 분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
○ 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제10조 (연구·인력개발비에 대한 세액공제)
① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비 스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경 우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
2. 제1호 외의 내국인 : 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구·인 력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구·인력개발비가 직전 연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.
가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인 력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비"라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경 우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외 의 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위 탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액 의 100분의 40에 상당하는 금액
다. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도 로 한다)을 곱하여 계산한 금액
100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액의 구 분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
○ 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)
① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액 을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적 용한다.
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연 구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100 분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 하며, 중소기업의 경우에는 100분의 25)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개 발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.
○ 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)
① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액 을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적 용한다.
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연 구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100 분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계 산한 금액
[별표 6] <개정 2008.10.7> 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항관련)
(생략)
[별표 6] <개정 2010. 2. 18>
1) 중소기업인 경우: 100분의 25
2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10
3) 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)
100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖 에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
○ 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)
② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인 력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.
○ 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등)
① 법 제9조3) 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구 개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.
연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)
(생략)
대전지법2015구합105260(2016.05.26)
[제목] 퇴직연금보험료가 조세특례제한법상 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부
[요약] 근로계약이 종료되는 때에 비로소 지급되는 퇴직급여를 지급하기 위하여 부담하는 퇴직연금보험료를 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이 아님
[결정유형] 국승
[주문]
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
<청구취지>
피고가 2013. 11. 26. 원고에 대하여 한 2008사업연도 귀속 46,688,290원(가산세 포함), 2009사업연도 귀속 102,995,420원(가산세 포함), 2010사업연도 귀속 243,227,510원(가산세 포함)의 합계 392,911,220원의 법인세 부과처분을 모두 취소한다.
[이유]
1. 처분의 경위
가. 원고(주식회사 AAA유원홀딩스로부터 2015. 1. 26. 분할되어 설립되었다. 이하 분할설립 전후를 불문하고 ‘원고’라고만 한다)는 골프용품 제조·판매·서비스사업, 골프 연습장·골프장사업, 스크린골프사업 등을 목적으로 하는 회사로서, 스크린골프 시뮬레이션 등 제조에 관한 전담 연구개발부서를 운영하여 오다가 2007 3. 28. 사단법인 한 국산업기술진흥협회장으로부터 ‘주식회사 AAA 제2기업부설연구소’(이하 ‘이 사건 연 구소’라고 한다)를 기술개발촉진법령이 정한 기업부설연구소로 인정받았다.
나. 원고는 2007 내지 2010사업연도까지 이 사건 연구소에서 근무하는 직원들에 대한 퇴직연금보험료로 2007사업연도 44,431,867원, 2008사업연도 88,145,000원, 2009사업연도 203,089,626원, 2010사업연도 484,802,063원, 합계 820,468,556원을 지출하였다(이하 ‘이 사건 퇴직연금보험료’라고 한다).
다. 원고는 2011. 12. 9. 서대전세무서장에게 ‘2004 내지 2006사업연도 법인세 신고 당시 누락한 연구·인력개발비’ 및 ‘이 사건 퇴직연금보험료’를 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 2011. 12. 31. 법률 제 11133호로 개정되기 전의 것, 이하 통틀어 ‘구 법’이라 한다) 제10조 제1항이 규정한 세액공제(이하 ‘조세특례제한법상 세액공제’라고 한다) 대상 연구·인력개발비로 반영하여 2007사업연도 법인세 319,261,426원, 2008사업연도 법인세 356,872,797원, 2009사업연도 법인세 747,793,173원, 2010사업연도 법인세 766,744,277원, 합계 2,190,671,673원의 법인세 환급을 신청하는 내용으로 법인세 경정청구를 하였고, 이에 서대전세무서장은 2011. 12. 16. 원고에게 2007사업연도 법인세 319,261,426원, 2008사업연도 법인세 356,872,797원, 2009사업연도 법인세 747,793,173원, 2010사업연도 법인세 766,744,278원, 합계 2,190,671,674원의 법인세를 환급하였다.
라. 광주지방국세청은 2013. 8. 26.부터 2013. 9. 12.까지 서대전세무서에 대한 감사를 실시한 다음 서대전세무서장에게, ‘① 조세특례제한법상 세액공제를 산정함에 있어 요건미비로 불공제된 2003 내지 2006사업연도 제조원가명세서상의 경상연구비를 포함 하여 연구·인력개발비 증가발생금액기준에 의하여야 하고, ② 이 사건 퇴직연금보험료 는 조세특례제한법상 세액공제 대상에 해당하지 않는다’는 내용의 감사결과를 통보하였다.
마. 이에 서대전세무서장은 2013. 11. 26. 원고에 대하여 2008사업연도 법인세 296,358,700원, 2009사업연도 법인세 296,338,690원, 2010사업연도 법인세 352,403,840원, 합계 945,101,230원의 법인세 부과처분을 하였다(이하 ‘2013. 11. 26.자 부과처분‘이라 한다).
바. 원고는 2013. 11. 26.자 부과처분에 불복하여 2014. 2. 24. 서대전세무서장에게 심사청구서를 제출하였고, 위 심사청구는 2014. 3. 27. 감사원에 접수되었다.
사. 감사원은 원고의 심사청구에 대하여 2015. 8. 13. ‘① 조세특례제한법상 세액공제를 산정함에 있어 요건미비로 불공제된 2003 내지 2006사업연도 제조원가명세서상의 경상연구비는 제외하는 것이 타당하므로, 2013. 11. 26.자 부과처분 중 이를 포함하여 산정한 부분은 잘못이어서 이를 포함하지 않는 것으로 그 세액을 경정해야 하고, ② 이 사건 퇴직연금보험료는 조세특례제한법상 세액공제 대상에 해당하지 않으므로, 원 고의 나머지 청구는 기각한다’는 취지의 심사결정을 하였다.
아. 이에 과세관청은 감사원의 심사결정에 따라 원고에 대한 법인세를 감액 경정하고 2015. 9. 24. 원고에게 2008사업연도 법인세 249,670,410원, 2009사업연도 법인세193,343,270원, 2010 사업연도 법인세 109,176,330원, 합계 552,190,010원을 환급하였다. 그 결과 2013. 11. 26.자 부과처분 중 남아 있는 부분은 다음과 같다(이하 다음과 같이 감액되고 남아 있는 세액 부과처분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다). 자. 이후 서대전세무서로부터 북대전세무서가 분리·신설되었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법여부
가. 원고의 주장
① 조세특례제한법령은 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 ‘인건비’의 범위 에서 퇴직연금보험료를 배제하지 않고 있고, 위 ‘인건비’는 그 명칭을 불문하고 근로자 에게 근로에 대한 대가로 지급된 일체의 비용을 의미하는 점, ② 퇴직연금보험료는 각 사업연도에 실제로 지출되고 전액 손금으로 인정되는 비용으로서 인건비에 해당하는 점, ③ 확정기여형 퇴직연금제도인 퇴직연금보험료는 실제 비용 지출 여부, 적립 및 지급시 회계처리 등이 퇴직급여충당금과 달라 양자의 성질은 전혀 다른 점, ④ 과세관청의 예규에 의할 때 4대 보험의 보험료 지출은 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비로 인정되는 점 등을 종합할 때, 이 사건 퇴직연금보험료는 이 사건 연구소의 직원들에 대한 인건비로서 조세특례제한법상 세액공제 대상에 해당한다. 그럼에도 이 사건 퇴직연금보험료를 조세특례제한법상 세액공제 대상으로 인정하지 않은 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관련 법령
별지 기재와 같다.
다. 판단
1) 구 법 제10조 제1항은 내국인이 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에 그 각 호에서 정한 금액을 해당과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다. 이에 따라 구 조세제한특례법 시 행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항, 별표6, 구 조세제한특례법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항, 별표6은 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 ‘기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비‘를 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 열거하고 있고, 구 조세제한특례법 시행규칙(2009. 4. 7.기획재정부령 제70호로 개정되기 전의 것, 2010. 4. 20. 기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것, 2011. 4. 7. 기획재정부령 제204호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항은 ’기술개발촉진법 시행규칙 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소‘를 연구 및 인력개발비의 범위에 관한 ’전담부서‘로 규정하고 있다.
2) 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 연구소의 직원은 조세특례제한법상 세액공제에 관한 전담부서에서 근무하는 직원으로 인정된다고 할 것인 데, 원고가 이 사건 연구소의 직원들의 퇴직연금보험료로 지출한 이 사건 퇴직연금보험료가 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당하는지 여부가 이 사 건의 쟁점이다.
3) 살피건대, 이 사건 퇴직연금보험료는 근로자퇴직급여 보장법에서 규정한 퇴직 급여제도인 퇴직연금제도 중 하나인 확정기여형 퇴직연금제도의 사용자 납입 부담금에 해당하는바, ① 인건비의 문언해석상으로는 퇴직금도 인건비에 포함되는 것으로 볼 여 지가 있고, 구 조세특례제한법령에는 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비의 범위에 관하여 퇴직연금보험료(사용자 납입 부담금)를 제외하는 명시적 규정이 없는 점, ② 확정기여형 퇴직연금제도의 퇴직연금보험료에 관한 회계처리와 확정급여 형 퇴직연금제도 등의 퇴직급여충당금에 관한 회계처리가 상이한 점, ③ 원고가 지출 하는 퇴직연금보험료를 과세연도별 및 대상근로자별로 특정할 수 있는 점 등의 사정은 인정된다.
그러나 한편, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 등을 종합할 때, 퇴직연금보험료는 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당한다고 볼 수 없다고 할 것이다. 따라서 이와 전제를 달리하는 원고의 위 주장은 이유 없다.
① 조세특례제한법상 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일 정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 취지가 있으므로, 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 할 것이다. 그런데 퇴직금과 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 퇴직급여충당금은 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입될 수 있다고 하더라도 이는 적정한 기간손익의 계산 을 위하여 합리적으로 비용액을 추산한 것에 불과한 것이어서 이를 반드시 정책적 목적의 조세특례제한법상 세액공제 대상인 인건비에 해당한다고 볼 것은 아니다. 따라서 퇴직급여충당금이나 이를 재원으로 하여 지급되는 중간정산퇴직금은 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니한다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두22147 판결 참조). 이 사건 퇴직연금보험료에 관하여 살피건대, 퇴직연금보험 역시 퇴직급여제도의 하나로서, 확정기여형 퇴직연금제도에 가입한 근로자는 원칙적으로 퇴직하는 때에 비로소 연금 또는 일시금의 형태로 퇴직급여를 지급받을 수 있는 점, 근로자퇴직급여보장법 및 같은 법 시행령은 근로자가 퇴직연금 적립금을 중도에 인출할 수 있는 사유를 일정한 요건을 갖춘 주택구입 등으로 제한하여 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 비록 원고가 지출하는 이 사건 퇴직연금보험료를 과세연도별 및 대상근로자별로 특정 할 수 있고, 그 적립방법이나 지급방법에 있어 퇴직금 또는 퇴직급여충당금과 차이가 있다고 하더라도, 근로자의 장기간의 근속기간을 고려하여 원칙적으로 근로계약이 종료되는 때에 비로소 지급되는 퇴직급여를 지급하기 위하여 원고가 납입하는 부담금인 이 사건 퇴직연금보험료를 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용으로 단정하기 힘들다.
② 법인세법은 수익에 비용을 합리적으로 대응시켜 과세소득을 산출하는 데 그 목적이 있으나, 조세특례제한법은 특정분야에 대한 세제지원을 통해 소기의 국가정책 목적을 달성하려는 데 목적이 있기 때문에 서로 다른 기준에 따라 운영되는 법률이어 서 법인세법에서 손금으로 인정된다고 하여 당연히 조세특례제한법에서도 당해 손금액 이 세액공제 대상이 된다고 볼 수는 없다. 오히려 조세특례제한법상 세액공제는 법인 세법상 손금으로 인정된 금액에 대하여 추가로 해당 금액에 대한 세액공제까지 인정하는 것으로서 정책적 목적을 위하여 상당한 특혜를 주는 제도이므로, 과세공평을 위하 여 보다 엄격하게 해석할 필요가 있다.
③ 근로자퇴직급여 보장법에 의하면, 사용자는 퇴직급여제도 중 하나 이상의 제 도를 설정하여야 하는데, 확정기여형 퇴직연금제도와 확정급여형 퇴직연금제도 및 퇴직금제도 중 어느 제도를 설정할지는 사용자의 선택에 맡겨져 있다. 그런데 사용자가 확정급여형 퇴직연금제도 또는 퇴직금제도를 설정한 경우에는 퇴직금, 퇴직급여충당금, 중산정산퇴직금은 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당하지 않는데(위 대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두22147 판결 참조), 이와 달리 퇴직연금보험료의 경우에는 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함된다고 본다면, 사용자가 어떤 퇴직급여제도를 선택하는지라는 우연한 사정에 따라 조세특례제한법상 세액공제 여부가 달라지게 되는바, 그와 같은 차이를 인정할 정책상의 필요 등 특별한 사정이 인정되지 않는다.
④ 국민연금 및 건강보험료 등은 즉시 납입해야 하는 비용일 뿐만 아니라 그 가 입 여부 등에 관하여 사용자가 선택할 여지가 없고, 사용자 부담금의 산정이 일의적이 라는 점 등에서, 후불제 임금인 퇴직금을 준비하는 복수의 퇴직급여제도 중의 하나로 서 사용자가 임의적으로 선택하는 이 사건 퇴직연금보험료와 차이가 있으므로, 국민연금 및 건강보험료 사용자 납입액이 조세특례제한법상 세액공제 대상이라고 하여 곧바로 이 사건 퇴직연금보험료도 조세특례제한법상 세액공제 대상에 해당한다고 볼 수는 없다.
3. 결론
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
조심2013서3951, 2013.11.22.(*)
[제목]퇴직급여 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려워 공제대상 인건비에 해당하지 아니함 (기각)
((*)해당 심판례는 대법원 판례 관련 심판례의 확인이 어려워 유사 심판례 참고)
【주문】
심판청구를 기각한다.
【이유】
1. 처분개요
가. 청구법인은 소프트웨어 개발, 자동제어시스템 제조, 전기공사 등의 사업을 영위하는 법인으로서 2009사업연도 법인세 신고시「조세특례제한법」 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 신청함에 있어「조세특례제한법 시행령」별표6의 ‘인건비’의 범위에 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니하였다가, 2013.3.28. 연구전담부서 연구원의 인건비 중 퇴직급여충당금전입액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 포함하여 세액공제를 재계산하여 처분청에 2009사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
나. 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여「조세특례제한법」 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상 인건비에 쟁점금액이 포함되지 아니한다고 보아 2013.6.4. 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.8.29. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(구)조세특례제한법 시행령 별표6(2009.2.4. 대통령령 21307호로 개정되기 전의 것)에서는 세액공제 대상을 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원의 인건비로 규정하고 있고, 인건비는 특별한 규정이 없는 한 동 법률에서 사용된 용어의 해석과 관련하여「법인세법」에 따르는 것이 타당하며,「법인세법」 제26조는 과다경비 등의 손금불산입에 관한 사항을 규정하면서 그 적용대상으로서 제1호에 인건비를 규정하고 이와 관련하여 같은 법 시행령 제43조 내지 제44조의2에서 상여금, 퇴직급여, 퇴직보험료 등 인건비 항목 중 손금불산입하는 인건비를 구체적으로 나열하고 있으므로,「법인세법」에서는 퇴직급여, 퇴직보험료 등을 인건비의 범위에 포함하고 있음을 알 수 있다.
인건비는 그 명목 여하에 불구하고 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출하는 일체의 비용을 말하는 것이며(대법원 1999.6.25. 선고 97누14194 판결 참조),「근로기준법」상의 퇴직금제도는 근로자가 1년 이상의 기간 계속 근로를 제공하고 퇴직할 경우에 사용자가 근로자의 근로 제공에 대한 임금 일부를 지급하지 아니하고 축적하였다가 이를 기본적 재원으로 하여 근로자가 퇴직할 때 이를 일시금으로 지급하는 것으로서 그 성실은 본질적으로는 후불적 임금의 성질을 지닌 것(대법원 2007.3.30. 선고 2004다8333 판결 참조)이므로 퇴직급여충당금 역시 인건비에 해당한다.
처분청이 판단의 근거로 삼았던「조세특례제한법 시행령」별표6은 2012.2.2.에 개정되어 발효 중인 조항으로, 이를 근거로 그 이전인 2009사업연도 퇴직급여의 세액공제 해당 여부를 판단할 수 없다.
또한, 대법원(2011.6.24. 선고 2011두6844 판결)에서도 퇴직급여충당금은 인건비와 마찬가지로「법인세법」상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입되는 점, 인건비는 그 명칭 여하에 불구하고 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것을 말한다고 할 것인데, 퇴직급여충당금은 법인이 퇴직금을 당해 임원 또는 사용인의 재직기간 중의 각 기간에 사전 분배하여 매기마다 일정액을 비용으로 적립한 것으로서 이 충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이므로, 퇴직급여충당금에 대하여 과세특례규정을 적용하더라도 그 입법취지에 반하지 않는 점에 비추어 인건비에 대하여 과세특례규정이 적용되는 연구원의 경우 퇴직급여충당금에 대하여도 과세특례규정이 적용되어야 한다고 판시하고 있어 쟁점금액은 조세특례대상 지출액임이 명백하다.
나. 처분청 의견
청구법인은 쟁점금액이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상인 인건비에 해당된다고 주장하나,「조세특례제한법」은 특정분야에 대한 세제지원을 통해 소기의 국가정책 목적을 달성하는 데 있기 때문에 일몰기한을 설정하고 최소한의 범위에서 특정기간 동안에만 일정 요건의 비용 또는 투자금액에 대해 세액공제 등을 적용하도록 규정하고 있는바,「조세특례제한법」에서 인건비에 대해 정의하고 있지 아니하나 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1은 (구)조세감면규제법 기본통칙 2-5-12…16을「조세특례제한법」신설시에도 유지한 것으로 1993.4.1. 신설된 이후 현재까지 동일하게 유지되어 온 것이어서 이미 납세자에게도 통일된 세법해석 기준으로 인식되었다고 보이는 점, 2012.2.2. 개정된「조세특례제한법 시행령」별표6에서도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제가 적용되는 인건비의 범위에 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하도록 규정하고 있는 점,「조세특례제한법」상 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는바, 이는 해당 과세연도에 연구 및 인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로 보기 어려운 점 등을 볼 때, 쟁점금액이「조세특례제한법」상 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당된다고 보기 어려우므로(조심 2012중4550, 조심2011서1923 등 참고) 처분청이 쟁점금액을「조세특례제한법」상 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당되지 아니하는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
퇴직급여충당금전입액이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부
나. 관련법령
(1) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)
제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성(이하 “소비성서비스업” 이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다】이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
(2) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것)
제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】 ① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성(이하 “소비성서비스업” 이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다】이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
(3) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.
【별표6】 (연구ㆍ인력개발비세액공제를 적용받는 비용)
1. 기술개발
가. 자체기술개발
① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비
(4) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 신설된 것)
제9조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】 ① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.
【별표6】 (연구ㆍ인력개발비세액공제를 적용받는 비용)
1. 기술개발
가. 자체기술개발
① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비
(5)조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것)
제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】 ① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.
【별표6】 (연구ㆍ인력개발비세액공제를 적용받는 비용)
1. 연구개발
가. 자체연구개발
① 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비(「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직금여충당금은 제외한다)
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인은 2009사업연도 연구전담부서 연구원의 인건비중 퇴직급여충당금전입액인 쟁점금액OOO을「조세특례제한법」 제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 하여 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
(2) 청구법인은 퇴직급여충당금은 인건비와 마찬가지로「법인세법」상 손금에 해당하고,「조세특례제한법」에서 인건비에 대한 명확한 정의도 없으며, 인건비는 그 명칭여하에 불구하고 근로의 제공 및 그와 관련하여 지급되는 일체의 비용을 말하는 것이므로, 쟁점금액은 「조세특례제한법」상의 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상의 인건비에 해당한다고 주장한다.
(3) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법」은 수익에 비용을 합리적으로 대응시켜 과세소득을 산출하는 것이 그 목적이나,「조세특례제한법」은 이와 달리 특정분야에 대한 세제지원을 통해 소기의 국가정책목적을 달성하는데 있기 때문에 일몰기한을 설정하고 최소한의 범위에서 특정기간 동안에만 일정요건의 비용 또는 투자금액에 대해 세액공제 등을 적용하는 것으로, 이와 같이「법인세법」과「조세특례제한법」은 서로 다른 기준 및 목적에 따라 운영되는 법률이어서「법인세법」에서 손금으로 인정된다고 하여「조세특례제한법」에서도 당해 손금액을 세액공제 대상으로 볼 수는 없다고 보이고,「조세특례제한법」에서 인건비에 대해 정의하고 있지 아니하나, 처분청이 제시한「조세특례제한법」기본통칙 9-8…1은 구「조세감면규제법」기본통칙 2-5-12…16을 「조세특례제한법」신설시에도 유지한 것으로 1993.4.1. 신설된 이후 동일하게 유지되어 온 것이어서 이미 납세자에게도 통일된 세법해석 기준으로 인식되었다고 보이며, 2012.2.2. 시행된「조세특례제한법 시행령」(대통령령 제23590호) 별표6에서도 연구ㆍ인력개발비가 적용되는 인건비의 범위에 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하도록 규정하고 있는 점, 또한,「조세특례제한법」상의 연구ㆍ인력개발비에 대해 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는바, 이는 해당 과세연도에 연구ㆍ인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등으로 보아, 처분청이 쟁점금액을「조세특례제한법」의 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니한 것으로 보아 세액 공제를 배제하여 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2011부1401, 2012.2.16. 합동회의 같은 뜻).
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.